始建前期，学校属非学历教育。1996年经省教育厅组织专家对学校办学能力，进行了评估并正式批设为普通中等专业学校。1997年选址昆明市海屯路建校，是云南省首家自建校舍的民办学校。后更名云南省骨伤科中等专业学校。
2010年学校在晋宁县选址组建高职学校，2011年5月11日昆明卫生职业学院正式成立，成为云南首家民办医科类高职院校。定当日为校庆日。
建校至今，学校秉承“育德为先、礼医天下”的精神，以建设“教育教学特色化、人文素质职业化、技术技能标准化”的医药卫生职业学校为方向。教学上坚持专家治学并重医德培养，坚持以行业标准为教学标准、以法律法规为德育标准的双标原则。
2014年上报云南省教育厅，以昆明卫生职业学院、晋宁县昆卫培训学校、晋宁县睿智幼儿园三家教育单位组成了云南昆卫教育集团（以下称集团）。同时，正积极筹备将已有的4家全科医院在整合提升后纳入集团的管理，使之融入集团医学教育教学中。 未来，以实现医教融合、产教一体，具衔接性实体化的教育集团为发展方向，为医学教育的改革而探索。 昆明卫生职业学院报名须知
1、报读普通中专的要求：初中应往届及以上学历即可； 2、报读五年制大专的要求：应届初中毕业生，并参加当年中考，成绩达到云南省考试院要求的分数；并按规定在毕业学校进行志愿填报。 3、报读普通大专的要求：应届高中或三校生医学类、护理类、药学类；参加当年普通高考，成绩达到云南省考试院公布的分数线以上，并在毕业学校进行志愿填报。
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